Três anos após os eventos do Metal Gear original, a FOXHOUND descobre que uma nação hostil no Oriente Médio pode ter conseguido os planos para o Metal Gear e está construindo secretamente um novo modelo. O tenente Solid Snake, o agente da FOXHOUND responsável pela destruição de Metal Gear, recebe ordens para liderar uma equipe de três homens até a base do inimigo.